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大西洋聯(lián)邦宇宙軍實行典型的軍政，軍令分開體制，其行政管理和作戰(zhàn)指揮系統(tǒng)各自相對**。聯(lián)邦海軍部是最高行政領(lǐng)導(dǎo)機構(gòu)，隸屬大西洋聯(lián)邦國防部，主要負責(zé)制定宇宙軍的戰(zhàn)略規(guī)劃、經(jīng)費預(yù)算、政策法令、軍官普升和后勤管理等事務(wù)，沒有作戰(zhàn)指揮權(quán)。
大西洋聯(lián)邦宇宙軍作戰(zhàn)部是大西洋聯(lián)邦海軍最高軍事職能部門，隸屬聯(lián)邦宇宙司令部，作戰(zhàn)部不直接指揮部隊作戰(zhàn)，平時主要負責(zé)宇宙艦隊的行政管理、軍事訓(xùn)練和制定裝備發(fā)展計劃，戰(zhàn)時向各艦隊司令部提供作戰(zhàn)部隊。聯(lián)邦宇宙軍的作戰(zhàn)指揮由其所在的艦隊司令部組織實施。宇宙司令部作戰(zhàn)部長是宇宙軍最高軍事首長。直接對宇宙軍司令長官負責(zé)，宇宙軍作戰(zhàn)部隊實行行政編組和任務(wù)編組雙重組織體制。
行政編組，也稱艦隊編組，是宇宙軍的永久性編組。大西洋聯(lián)邦宇宙作戰(zhàn)部下轄第1，2，3，4，5，6，7和第8艦隊，第1，2，3，4，5，6艦隊司令長官為少將軍銜；第6，7，8艦隊司令長官為準將軍銜，參聯(lián)會駐月球央司令部司令長官為將軍銜，央司令部分別下轄航空兵部隊司令部、特殊艦艇部隊司令部、陸戰(zhàn)部隊司令部。所有兵種司令部對所轄部隊無作戰(zhàn)指揮權(quán)。主要負責(zé)所轄部隊的行政管理和物資技術(shù)保障，實施人員調(diào)動、分配、后勤保障及組織訓(xùn)練。其空兵部隊司令部、特殊艦艇部隊司令部、陸戰(zhàn)部隊司令部為上校軍銜聯(lián)邦宇宙軍陸戰(zhàn)隊雖然隸屬于宇宙軍司令部，但是有**的組織系統(tǒng)。陸戰(zhàn)隊總司令部設(shè)在華盛頓，軍銜少將。副司令駐月球，軍銜準將，按行政編組分為各個艦隊陸戰(zhàn)隊司令部，在作戰(zhàn)編組上歸艦隊司令指揮，軍銜上校。各艦隊陸戰(zhàn)隊司令部下轄遠征軍。
作戰(zhàn)編組，又稱任務(wù)編組，聯(lián)邦宇宙軍分為編號艦隊、特混艦隊、特混大隊、特混小隊和特混分隊。具體兵力組成根據(jù)任務(wù)需要而臨時編隊，任務(wù)完成后各部隊返回原行政建制單位。目前，聯(lián)邦宇宙軍戰(zhàn)區(qū)作戰(zhàn)編組如下
駐月球托勒密基地駐留艦隊——下轄第1，4，5，6，7艦隊
新星駐留艦隊——下轄第2，3艦隊
駐地球低軌道艦隊——第8艦隊
大西洋聯(lián)邦宇宙軍軍官由現(xiàn)役軍官和后備役軍官組成。軍銜分為10個等級，